За 2 роки після затримання терориста Соломона Лейна, залишки його організації «Синдикат» сформували екстремістську групу «Апостоли». IMF передає агентові Ітану Ганту відомості, що «Апостоли» добули викрадені з російського ядерного полігону три плутонієвих ядра. Їх найняв таємничий Джон Ларк аби встановити новий світовий порядок, підірвавши три портативні атомні бомби. Аби завадити їх використанню, Ітана Ганта посилають до Берліна. Саме там «Апостоли» збираються продати плутоній Джону Ларку. Гант об'єднується з Бенджі Данном і Лютером Стікелом, видаючи себе за посередника. Але операція зривається, злочинці викривають обман і беруть Лютера в заручники. Рятуючи його, Гант втрачає плутоній, «Апостоли» тікають з ядрами в невідомому напрямку. IMF вдається затримати фізика-ядерника Нільса Дельбрука, який створив для терористів бомби. Коли той перебуває в лікарні, Гант і Лютер намагаються переконати його розшифрувати креслення бомб. В цей час по телевізору показують, що терористи здійснили вибухи у Ватикані, Єрусалимі й Мецці. Фізик дає код від креслень, думаючи, що вони вже не мають сенсу. Та все це виявляється хитрістю IMF — йому показали підроблені новини, а насправді вибухи ще тільки можуть статись.
